Оставшись после Четвёртого удара без своих Евангелионов, Синдзи, Аска и Рей находят убежище в одном из редких очагов человечества, которые всё ещё существуют на полуразрушенной Земле. Там каждый из них живёт своей жизнью, совсем не похожей на ту, которая была у них, когда они были пилотами Евы. Однако опасность для мира не миновала. На горизонте маячит новый Удар — тот, который окажется истинным концом Евангелиона. Наконец, запущен проект совершенствования человечества, и теперь Wille предстоит финальный изнурительный бой, чтобы предотвратить Последний удар.

Аматэ Юдзуриха — обычная старшеклассница, мирно живущая в космической колонии, парящей среди звёзд. Но однажды она встречает беженку войны по имени Няан, и эта встреча затягивает Аматэ в опасный мир нелегального боевого спорта — Клановых Битв.Взяв позывной «Мачу», она с головой окунается в яростные сражения, день за днём управляя мобильным доспехом GQuuuuuuX. Но однажды перед ней появляется неопознанный Гандам, за которым охотятся и космические войска, и полиция, а вместе с ним — его пилот, юноша по имени Сюдзи Ито.

В год Всеобщего летоисчисления 0079 Земная Федерация и Княжество Зеон сражались по разные стороны беспощадной Войны за независимость. В ходе одной из стычек печально известный пилот Зеона Чар Азнабль сумел проникнуть на вражескую базу и похитить прототип мобильного доспеха под названием «Гандам». С помощью этого мощного оружия Чар помог своим союзникам одержать решающую победу. Однако из-за странного происшествия, связанного с передовыми технологиями «Гандама», Чар бесследно исчезает вместе со своим фирменным красным мобильным доспехом.Шесть лет спустя очаги войны всё ещё тлеют то тут, то там. Юная Аматэ Юдзуриха «Мачу» Юдзуриха живёт с матерью на тихой космической колонии. Пока её одноклассники изнуряют себя подготовкой к экзаменам, Мачу мечтает о более яркой жизни. Её желание исполняется, когда на колонию совершает аварийную посадку «Гандам QuuuuuuX» — новейший мобильный доспех, которым управлял отряд солдат Зеона. Мачу обнаруживает, что обладает природным талантом к управлению этой машиной, и использует её, чтобы отбиваться от сил Федерации. В этом ей помогает загадочный Сюдзи Ито, пилотирующий «Гандам», удивительно похожий на тот, которым когда-то владел пропавший без вести Чар.Мачу и не подозревает, что за её схваткой наблюдает группа фанатов мобильных доспехов, устраивающих соревновательные бои в парах. В погоне за острыми ощущениями и настоящей человеческой связью Мачу объединяется с Сюдзи и втягивается в череду всё более ожесточённых клановых сражений, за которыми, кажется, скрывается куда более масштабный конфликт.